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1.결론
근로자 또는 임원의 서면 요구에 의하여 중간정산 또는 연봉제로 퇴직금을 지급하는 경우로써 중간정산 시점 이후에 퇴직금 계산의 근속연수는 정산시점부터 새로이 시작하는 것으로 하여 중간정산 등을 하는 경우에는 현실적인 퇴직으로 보아 당해 퇴직금을 지급하는 시기에 퇴직금을 비용(손금)으로 처리할 수 있읍니다.

물론 임원에게 부당하게 과다하게 지급하거나 하는 경우 부당하게 과다지급한 금액등은 세법상 손금으로 인정받을 수 없읍니다.

2. 퇴직금
법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직금은 현실적으로 퇴직하는 경우에 한하여 이를 손금에 산입한다.[법인세법 시행령44조]

3. 현실적인 퇴직의 범위
아래의 경우에도 현실적인 퇴직으로 보아 임원 사용인의 퇴직금을 손금산입한다.
① 법인의 사용인이 당해 법인의 임원으로 취임한 때
② 법인의 임원 또는 사용인이 그 법인의 조직변경`합병`분할 또는 사업양도에 의하여 퇴직한 때
③ 근로기준법 제34조 제항의 규정에 의하여 퇴직금을 중간정산하여 지급한 때
④ 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 그때까지의 퇴직금을 정산하여 지급한 때

※ 상기 ③④번의 경우 근로기준법 제34조 제3항의 규정은 중간정산이후 퇴직금계산시 기준이 되는 근속연수에서 제외하여야 한다는 규정입니다.
또한 임원의 경우는 근로기준법상 중간정산에 해당하지 않음으로 연봉제 전환이후에는 퇴직금으로 손금산입이 불가능함, 다만, 연봉제 전환 후 주주총회에서 다시 퇴직금 지급을 의결한 경우는 퇴직금을 지급할 수 있는 것으로 판례등이 있음

4. 수입시기
실제로 지급받는 때
분할 지급받는 경우최초로 지급받는 때를 수입시기로 한다.

5. 원천징수
지급하는 때 퇴직소득에 대한 원천징수세율(종합소득세율)을 적용하여 계산하며, 분할하여 지급하는 경우 2회분부터 기 지급액과 합산하여 원천징수세액을 계산하여 신고합니다.
이 경우 계약에 의한 중간정산종료일 이후의 분할 납부하는 경우로 판단되며, 그 이전에 분할지급하는 금액은 현실적인 퇴직이전이므로 세무상 가지급금으로 판단됩니다.

법령:법인세법 26조 법인세법시행령:44조

※참고
근로기준법제34조 (퇴직금제도)
① 사용자는 계속근로년수 1년에 대하여 30일분이상의 평균임금을 퇴직금으로서 퇴직하는 근로자에게 지급할 수 있는 제도를 설정하여야 한다. 다만, 근로년수가 1년미만인 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 퇴직금제도를 설정함에 있어서 하나의 사업내에 차등제도를 두어서는 아니된다.

③ 사용자는 근로자의 요구가 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 근로자가 퇴직하기 전에 당해 근로자가 계속 근로한 기간에 대한 퇴직금을 미리 정산하여 지급할 수 있다. 이 경우 미리 정산하여 지급한 후의 퇴직금 산정을 위한 계속근로년수는 정산시점부터 새로이 기산한다.

④ 사용자가 근括美?피보험자 또는 수익자로 하여 대통령령이 정하는 퇴직보험 또는 퇴직일시금신탁(이하 "퇴직보험등"이라 한다)에 가입하여 근로자의 퇴직시에 일시금 또는 연금으로 수령하게 하는 경우에는 제1항의 규정에 의한 퇴직금제도를 설정한 것으로 본다. 다만, 퇴직보험등에 의한 일시금의 액은 제1항의 규정에 의한 퇴직금의 액보다 적어서는 아니된다. <개정 1997.12. 24>


제35조 (예고해고의 적용예외)

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